减免税规定主要集中在三个方面，一是鼓励集中处理；二是鼓励资源利用；三是鼓励清洁生产。

鼓励集中处理：对依法设立的城乡污水集中处理、生活垃圾集中处理场所、排放相应应税污染物不超过国家和地方规定的排放标准的免征环境保护税。依法设立的生活垃圾焚烧发电厂、生活垃圾填埋场、生活垃圾堆肥场均属于生活垃圾集中处理厂所。

鼓励资源利用：综合利用的鼓励废物复核国家和地方环境保护标准的免征环境保护税。

鼓励清洁生产：对于应税大气污染物和水污染物，纳税人排放的污染物浓度值低于国家和地方规定排放标准30%的减按75%征税；纳税人排放的污染物浓度值低于国家和地方规定排放标准50%的减按50%征税。

此外，对除规模化养殖以外的农业生产排放应税污染物的机动车、铁路机车、非道路移动机械、船舶和航空器等流动污染源排放应税污染物的情形均免征环境保护税。