文章摘要:为了推进“长江大保护”和“黄河高质量发展”的国家重大发展战略，流域水环境的综合治理能力亟需进一步提升，而河流微生物生态学的建立和发展是水环境综合治理的内在需求。文章深入分析了河流微生物生态学研究需要解决的三个关键科学问题：（1）群落组成分布特征；（2）生态功能机制；（3）环境交互作用。总结了该领域的前沿工作，包括河流微生物群落分布特征、生态构建、环境响应、与物质循环的交互作用以及食物网搭建等基础理论研究，和基于理论构设的河流生态健康指示、评价、诊断体系，污染物溯源以及河道修复等应用发展现状，展望了河流微生物生态学研究的“方法革新化”、“尺度宏观化”、“维度全面化”和“成果技术化”等发展趋势，提出对河流生态环境研究的思考。

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